这个问题很有意思，这些机构都是明朝的实权机构，司法机关，特务单位和侦查部门，至于说“六扇门”根本不存在，是一个俗称，泛指锦衣卫。大理寺，实际上就是明朝的最高法院，自唐朝以后基本上就确定了大理寺的职能。大理寺属于中央司法机关，刑罚之事由刑部处理，大理寺是执行机构。大理寺最高长官是大理寺正卿（三品），职责是审理和判定案件。大理寺与刑部和御史台，并称三法司。但大理寺正卿与刑部尚书和御史台大夫职责各有不同。职能和权力都是最低的。明朝最为后世诟病的就是特务统治，而管理和统辖明朝特务机构的就是组成的东西二厂，这又延伸出明朝又一个弊病宦官干政。而司礼监则是宦官群体里面最高机构，明朝一个如果做到司礼监那真是最大希望，最高峰了。司礼监的相当于内相，其职权与内阁首辅相当，司礼监是替皇帝工作，司礼监又分为掌印和秉笔两大机构和职责，秉笔负责代替皇帝“批红”。就是代替皇帝在奏疏上批复意见。掌印职掌皇帝玉玺和，就是秉笔负责签字，秉笔负责盖章，有最终的决定权。二人相互制约和监督，至于说二人谁的职权大，就看具体情况，但基本上来说，掌印是老大。而且掌印领导东西二厂。刘瑾，魏忠贤，王振，冯保。他们都是掌印。也是明朝其他的仰望的对象。做一个恰当的比如，东厂就是中统，东厂的全称是东缉事厂，是明代的特权监察机构、特务和秘密机关。明成祖时期设立东厂，由宦官担任首领。 东厂权力巨大而且只对皇帝负责，不经三法司批准，可随意监督缉拿大臣。而之所以用宦官。一是皇帝信任，二是身处皇宫，用起来比较方便。全称为“钦差总督东厂官校办事”，简称“提督东厂”。东厂的首领称为东厂掌印也称厂公或督主，是宦官中仅次于司礼监掌印的第二号人物。通常以司礼监秉笔或掌印亲自担任。西厂的职能和东厂一样，全称"西缉事厂"。明宪宗在1477年于东厂之外增设西厂，其权力超过东厂。但存在时间不长。也就六年的时间，但这六年西厂的权力远远大于东厂和锦衣卫。至于说六扇门，明清两代都没有六扇门这个这机构。实际上六扇门是司法机构的统称，衙门就是现在来说就是机构，以门为名，门户的意义无疑是极为重大的。封建时代的衙门有着严格的规定，任何僭越都是不可以的，具体来说，六扇门是指是中轴线上的大门、仪门、宅门，每门各安两扇黑漆门扇，合计六扇，所谓“衙门六扇开”就这么叫开了，很形象很好记。也是衙门口朝南开，有理没钱别进来也是这个起因。六扇门这个称呼也就成为代称了。锦衣卫就是明朝的军统，属于正式 的朝廷编制，他是明朝专有军政搜集情报机构，最初叫“拱卫司”，后改称“亲军都尉府”，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫。洪武十五年改置锦衣卫。是皇帝亲军十二卫之一。锦衣卫是作为皇帝侍卫的军事机构存在的 ，其首领称为锦衣卫指挥使，基本上是武将担任。只对皇帝负责，不经三法司可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。锦衣卫与东西二厂合称为“厂卫”。后世就代指特务机构。厂卫干预司法，是明朝一大弊政。应该说，无论是司礼监还是东西二厂和锦衣卫，都是明朝政治统治工具，而在明朝之前，两汉与唐宋并没有这样的组织，这实际是政治退步的表现。政治是有的，冤假错案都是针对官僚阶层。对老百姓则危害不大，这也是为何后世对司礼监还是东西二厂和锦衣卫评价都不高的原因。我是清水空流，历史的守望者。期待你的关注和点评

在西厂出现之前，明朝最主要的两大特务机构是锦衣卫和东厂。为了维护中央集权和皇权统治，也为保卫自身安全，1382年，朱元璋设置锦衣卫。初始职能为三项：其一，守卫值宿；其二，侦察与逮捕；其三，典诏狱。其首领称为锦衣卫指挥使，一般由皇帝的亲信武将担任，直接向皇帝负责。锦衣卫在朱元璋维护统治中起到了重要作用，当时的锦衣卫不仅监察百官百姓，连皇亲国戚都是他们的监察对象，可以不经过审讯就逮捕任何人，由此导致权势迅速膨胀。1387年，朱元璋感到锦衣卫有些尾大不掉，会威胁到皇权统治，兼之遭到了朝廷官员集团和皇亲国戚集团的共同反对，又撤销锦衣卫，焚毁锦衣卫刑具，所押囚犯转交刑部审理；同时下令内外狱全部归三法司审理，《明史·刑法志》记载：“胡惟庸、蓝玉两案，株连且四万。”但在明成祖朱棣发动“靖难之役”夺得皇位之后，为了堵住天下悠悠众口，又重新设置了锦衣卫并且添置“北镇抚司”，专门负责监察高级官员；并且任命亲信在1420年设立东缉事厂，负责监察锦衣卫和臣民。只是到了明朝中后期，明宪宗成化年间，当时发生了几件大事：一是明宪宗在大祀殿祭祀天地祖先，结果寒潮来袭，执旗卫士和乐官好几人被活活冻死；二是李子龙事件；三是妖狐夜出事件，搞的明宪宗心慌意乱，生怕自己什么时候就挂了。加上此时朝臣之间、朝臣与宦官之间的党争事件。为了维护皇权统治，明宪宗于成化十三年（1477年）组织了新的内廷机构——西厂，西厂以汪直为提督，厂址设在灵济宫前，以旧灰厂为厂署总部，主要负责监察东厂、锦衣卫和天下臣民，权势滔天远超东厂和锦衣卫。但汪直乃野心之人，为了升官发财，拼命的构置大案、要案，擅长捕风捉影，一旦怀疑某人便立即将其抓捕下狱，然后刑讯逼供屈打成招，因此搞的人心惶惶，最终在大学生商辂等文官集团和宦官集团的谏言下，明宪宗撤销西厂。但仅仅一个月之后，在奸臣戴缙的谗言下，明宪宗又恢复西厂和汪直，而大学生商辂等人则退休回老家。此后汪直继续大兴冤狱，而且还想简历军功，最终引起了明宪宗的怀疑，再次在文官集团和宦官集团的谏言下废除西厂，汪直也被调往南京。你以为这就结束了吗？并没有！在明武宗继位之后，他的东宫“八虎”因为深得皇帝宠信，于是西厂复开，由谷大用领导，东厂由马永成负责，刘瑾掌管司礼监统领。但刘瑾、谷大用、马永成等之间互相争权夺利，相互拆台，于是刘瑾又额外建立了新的特务机构“内行厂”，权势、人马介在东西二厂和锦衣卫之上。到了1510年，刘瑾，1512年明武宗下令撤销西厂和内行厂。西厂作为一个临时产品，就这样在历史上永远地消失了，一直到永历皇帝被吴三桂处决，明朝彻底灭亡，都没有再出现过，前后总共历时11年。明朝之所以设立西厂，究其原因同样也是为了维护封建皇权统治

1、有的.
2、锦衣卫是,负责侍卫、仪仗、巡查缉捕、廷杖,指挥使是武官；东厂是是一个情报机构,负责侦缉、抓捕,厂主由宦官担任,是内臣.
因为在巡查缉捕方面,两家都有职权,所以难免会有.同时两家相互掣肘：都指挥使是外臣,跟皇帝联络须送奏章,行事不如宦官方便；东厂抓回来的人,只要不死,最后是要送往锦衣卫的北镇抚司的（当然,越到后来,大宦官权势通天,锦衣卫远不及东厂,甚至出现了所谓的西厂）.
3、锦衣卫是军人,属于序列；是内侍,属于内廷序列.
御林军?是禁军吗?明朝的军制是卫所制,禁军也按照卫所编制,称为“上十二卫”,当然不同时期会有一些变动.而负责皇家治安巡查的,除了上十二卫,还有京军三大营.
大内侍卫,那就是皇帝的亲军了,亲军上十二卫,如上.

锦衣卫：最高的领导为都指挥使,出任此职者资格为“皇亲国戚或战争功勋者”,仅一人担任,正三品官阶.佐官有指挥同知二人,从三品；指挥佥事二人,四品；南、北镇抚使二人以及十四所千户十四人,皆为正五品；此其下管理职尚有副千户（从五品）、百户（正六品）、试百户（从六品）、总旗（正七品）、小旗（从七品）等.普通军士部属有力士与校尉等职.
东厂：
行政长官为钦差掌印,全称职衔为：钦差总督东厂官校办事,简称总督东厂、提督东厂,尊称为“厂公”或“督主”.初设时由司礼监掌印兼任,后因事务繁杂,改由司礼监秉笔中位居第二、第三者担任.东厂的属官有掌刑千户、理刑百户各一员,由锦衣卫千户、百户来担任,称贴刑官.隶役（称掌班、领班、司房,共四十余人）、缉事（称役长和番役）等军官由锦衣卫拨给.
西厂：西厂的成员是从锦衣卫中选拔出来,宪宗定下了所领缇骑（锦衣卫校卫）的人数要比东厂多一倍,又把东厂与锦衣卫的职权包揽起来,它的职权比东厂和锦衣卫更大.而西厂的职务是侦查民臣的言行,并可以对疑犯进行拘留、用刑.西厂又把监狱以及法庭混为一体,而且可随意逮捕朝中官员,级别中低的官员可不向皇帝奏请.
内阁：
洪武十三年（1380年）,胡惟庸案之后,明太祖朱元璋罢中书省,分中书省之权归于六部.原中书省官属尽革,惟存中书舍人.同年九月,朱元璋设置四辅官,以儒士王本等为之.洪武十五年,再次撤销,而仿照宋朝制度,设置华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士,其中礼部尚书邵质、检讨吴伯宗、翰林学士宋讷、典籍吴沉分别为四处大学士.之后,又置文华殿大学士,征耆儒鲍恂、余诠、张长年等人担任,以辅导太子,品秩为正五品,其主要权力只是顾问.建文年间,改大学士为学士,悉数罢免大学士,各设学士一人.此后改谨身殿为正心殿,设正心殿学士.明成祖靖难夺位后,召解缙、胡广、杨荣等人直入文渊阁,参与机务,内阁制度至此建立.然而,当时进入内阁的成员均来自翰林院编修、检讨与试读等官职,并不兼任六部职位,也不得九卿.而九卿等官员上奏,亦不得向内阁通知.洪熙年间,明仁宗因杨士奇、杨荣等为东宫旧臣,升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士,杨荣为太常卿兼谨身殿大学士,于是从明仁宗起,内阁逐渐受到重视.之后杨士奇、杨荣等人均兼有尚书职位,虽然身居内阁,其头衔均以尚书为尊.景泰年间,王文以左都御史进吏部尚书后进入内阁,自后后,诰敕房、制敕房俱设中书舍人,六部承奉意旨,内阁权力更大.嘉靖以后,朝位班次均列六部之上.