国家安全机关与公安机关没有隶属关系。

在国家层面上，国家安全部与公安部一样，都是国务院的组成部门，省国家安全厅是省级国家安全部门，市国家安全局是市级国家安全部门，县级一般不设国家安全机构，县级相关国安工作由市级处理，个别重点地区的县级设置国家安全机构。

国家安全机关是依法设立并代表国家掌管国家安全行政事务的机关，是我国国家机器的重要组成部分，是人民民主专政的重要工具之一，是防范和打击隐蔽敌人渗透破坏活动、在隐蔽战线上保卫国家安全和利益的职能部门。

国家安全机关主要职责是：掌管反间谍工作和其他有关国家安全工作；开展隐蔽战线的斗争，严密防范、打击境外机构、组织、个人实施或者指使、资助他人实施的，或者境内组织、个人与境外机构、组织、个人相勾结实施的危害中华人民共和国国家安全的行为，保卫人民民主专政的政权和社会主义制度，保障改革开放和社会主义现代化建设的顺利进行；坚持专门工作与群众路线相结合、专门机关与有关部门相结合的原则，大力开展国家安全教育，不断增强人民群众的国家安全意识，建立和加强反间谍的人民防线。