一共有12所，分别为：

1.厦门大学，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学；

2.福州大学，是国家211工程重点建设高校；

3.福建师范大学，中国建校最早的师范大学之一；

4.福建农林大学，是福建省重点建设3所高水平大学之一；

5.集美大学，是交通运输部与福建省，国家海洋局与福建省，福建省与厦门市共建高校；

6.华侨大学，是福建省继厦门大学之后第二所设有研究生院并具有教授，副教授评审权的高等学府；

7.福建医科大学，是我省最早接受国家公派留学生和开展全英教学的高校之一；

8.福建中医药大学，是中国创办较早的高等中医药院校之一；

9.福建工程学院，是福建省重点建设高校；

10.厦门理工学院，是经教育部批准成立的全日制普通本科高等学校；

11.闽南师范大学，是福建省重点建设的省属全日制本科院校；

12.闽江学院，是2002年经教育部正式批准的公办全日制多科性本科大学。